Descifrando las secuencias de ADN transportadas por las vesículas de membrana de Streptomyces coelicolor

Scientific Reports volumen 12, Número de artículo: 16651 (2022) Citar este artículo

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Las vesículas de membrana (MV) son partículas esféricas con dimensiones a nanoescala y se caracterizan por la presencia de diversas cargas, como ácidos nucleicos, proteínas, lípidos y metabolitos celulares. En la literatura se informan muchos ejemplos de (micro)organismos que producen MV. Entre ellos, los MV bacterianos son de particular interés porque ahora se consideran como el cuarto mecanismo de transferencia horizontal de genes. Las bacterias Streptomyces son bien conocidas por sus funciones ecológicas y su capacidad para sintetizar compuestos bioactivos, siendo Streptomyces coelicolor el organismo modelo. Anteriormente se demostró que puede producir distintas poblaciones de MV caracterizadas por diferentes cargas de proteínas y metabolitos. En este trabajo demostramos por primera vez que las MV de S. coelicolor portan tanto ADN como ARN y que su contenido de ADN representa el cromosoma completo de la bacteria. Estos hallazgos sugieren que el ADN de MV podría desempeñar un papel en la evolución de los genomas de Streptomyces y que los MV podrían explotarse en nuevas estrategias de ingeniería de cepas.

Las vesículas de membrana bacteriana (MV) son partículas esféricas y membranosas con un diámetro nanométrico y su carga incluye varias macromoléculas, como ácidos nucleicos (ADN y ARN), lípidos y proteínas (es decir, enzimas y toxinas), y moléculas pequeñas, como células. metabolitos, señales y moléculas bioactivas (es decir, antibióticos)1,2,3,4. La liberación de MV puede facilitar muchas funciones biológicas, como la absorción de nutrientes, la competencia, la supervivencia, la respuesta al estrés, la comunicación intercelular y la transferencia horizontal de genes (HGT)1,3,5. En el contexto de HGT, que se reconoce como una de las principales fuerzas que impulsan la formación de genes y genomas y su evolución6, los MV pueden desempeñar un papel (muy) importante. Los principales mecanismos estudiados de HGT en procariotas son la transformación, la conjugación y la transducción6,7. Sin embargo, en los últimos años las VM han sido consideradas como el cuarto mecanismo de la TGH, denominado vesiducción5,8,9,10. De hecho, se han detectado diferentes tipos de material genético, como ADN cromosómico, plasmídico y/o fago, junto con sRNA, mRNA y miRNA, dentro de las MV o en asociación con su membrana5,8,9,11. La ocurrencia de HGT mediada por MVs ha sido observada en muchos estudios: por ejemplo, Klieve et al.12 demostraron, por primera vez, la asociación del ADN con MVs liberados por bacterias Gram-positivas pertenecientes al género Ruminococcus, y la capacidad de estos MV para restaurar una actividad metabólica específica en cepas mutantes12. Además, se ha informado que los MV transfieren plásmidos entre diferentes cepas 13,14 y carga de ADN a las células huésped eucariotas 15.

Además, el ADN extracelular (eDNA) es un componente importante de la matriz del biofilm bacteriano que permite la adherencia celular en las primeras etapas de formación del biofilm. En las células planctónicas de Streptococcus mutans, el eDNA también se libera mediante un modo independiente de lisis que implica a las MV. Por lo tanto, eDNA en MV de cultivos planctónicos puede desempeñar algún papel en la etapa temprana de formación de biopelículas que promueven la colonización bacteriana. Además, se informa que el eDNA de MV influye en la estabilidad y la integridad estructural del biofilm16.

Solo el 4% de los estudios sobre vesículas de membrana procariótica realizados entre 1972 y 2021 se refieren a MV de bacterias Gram-positivas17: de hecho, durante mucho tiempo se supuso que las bacterias Gram-positivas no podrían producir vesículas, debido a la falta de un exterior. capa de membrana y la presencia de paredes celulares gruesas1. En los últimos años, las MV Gram-positivas han ganado más atención y se demostró su liberación tanto en cepas patógenas como no patógenas, como Staphylococcus spp., Bacillus spp., Lactobacillus spp. y Streptomyces spp.4,18,19, 20,21.

Streptomyces es un género de bacterias Gram-positivas filamentosas que son ubicuas en ambientes terrestres y marinos, donde pueden vivir en simbiosis, por ejemplo, con plantas, hongos, insectos y esponjas22: adaptación a nichos ecológicos tan diversos e interacción con otros ( los micro)organismos han dado lugar a la peculiar diversidad química de sus metabolitos bioactivos, cuya producción está regulada por una compleja red de señales ambientales, como la escasez de nutrientes y la presencia de competidores22,23,24. Los estreptomicetos tienen un ciclo de vida complejo ya que el micelio de una colonia está formado por distintos tipos de células (es decir, hifas vegetativas, hifas aéreas y esporas) e incluso diferentes subpoblaciones: de hecho, las colonias de Streptomyces se han descrito recientemente como similares a las colonias de insectos sociales. con división del trabajo, por la presencia de subpoblaciones de células mutantes que se caracterizan por deleciones y/o amplificaciones en los brazos de sus cromosomas lineales, y que hiperproducen antibióticos a expensas de su propia aptitud25,26.

En estas bacterias, la conjugación es el mecanismo de HGT más estudiado, ya que ha sido estudiado desde la década de 1950 con experimentos que involucran cepas prototróficas y mutantes auxotróficos27,28,29. Una característica peculiar de la conjugación en Streptomyces es la formación de las llamadas viruelas: cuando las esporas de una cepa portadora de un plásmido se cocultivaron con un exceso de esporas de la cepa receptora, se formaron zonas circulares de retraso del crecimiento en el césped micelial del receptor. observado30. El fenotipo pocking se asoció con la transferencia de plásmido ya que el plásmido donante se encontró en las células que forman la pock30. Además, mientras que en las bacterias unicelulares los plásmidos conjugativos se transfieren como ADN monocatenario del donante al receptor a través de un sistema de secreción tipo IV que involucra múltiples proteínas, la conjugación de Streptomyces consiste en la transferencia de ADN bicatenario y una proteína codificada por el conjugativo. se requiere plásmido (es decir, TraB)31,32,33,34,35,36.

Streptomyces coelicolor se considera el organismo modelo para el estudio de Streptomycetes. Hemos demostrado muy recientemente que S. coelicolor cultivada en cultivos líquidos libera MV de diferentes tamaños y con cargas proteicas y metabólicas específicas4. Sin embargo, aún no está claro si los MV pueden transportar fragmentos de ADN específicos o el conjunto completo de secuencias genómicas de Streptomyces. Por lo tanto, el objetivo de este trabajo fue realizar la secuenciación y el análisis del ADN purificado de las MV de S. coelicolor para comprobar si todo el ADN cromosómico podría estar asociado a las MV.

Se aislaron y purificaron dos poblaciones principales de MV, a saber, MV F3 y F4, a partir de cultivos líquidos de S. coelicolor de acuerdo con el protocolo informado en Materiales y Métodos. Estas dos poblaciones de MV fueron previamente caracterizadas: además de tener diferentes diámetros (tamaños promedio de alrededor de 100 nm y 200 nm en F3 y F4, respectivamente), también diferían en la composición de sus cargas de proteínas y metabolitos4. Las seis fracciones de gradiente se cargaron directamente en un gel de agarosa al 1 % (p/v) y este análisis de electroforesis reveló la presencia de tres bandas principales: dos bandas más pequeñas correspondientes a aproximadamente 900 pb y 500 pb, respectivamente, y una banda de mayor peso molecular. de aproximadamente 19 kb (Fig. 1). De acuerdo con trabajos previos, F3 y F4 fueron elegidos para futuras investigaciones ya que son las fracciones de gradiente más enriquecidas en MV4,37. Además, la presencia de MV en F3 y F4 se confirmó mediante el análisis de dispersión de luz dinámica (DLS) (Fig. S1 complementaria).

Análisis electroforético de los ácidos nucleicos asociados a las fracciones F3 y F4 de S. coelicolor MVs. M: Marcador de Peso Molecular de ADN IV (Roche).

Las intensidades relativas de las tres bandas mostraron un patrón opuesto entre las dos poblaciones de MV: en F3, la banda de 19 kb apareció más brillante en comparación con las demás, mientras que en la fracción F4 las intensidades de las bandas de 900 pb y 500 pb fueron más fuertes. que la banda de alto peso molecular. Para identificar los ácidos nucleicos presentes en las fracciones F3 y F4, se trataron con RNasa o DNasa. Los datos obtenidos revelaron que las dos bandas más pequeñas de ambas fracciones correspondían al ARN, mientras que el ácido nucleico de alto peso molecular era el ADN (Fig. 2 complementaria).

Los experimentos de PCR destinados a identificar el contenido de ADN de F3 y F4 se realizaron mediante la amplificación de porciones de mapas de genes en diferentes regiones del cromosoma de S. coelicolor. Con este propósito, se eligieron katA2, catC, dnaK, hrdB y rrnB como genes diana (Fig. 2).

Mapa del cromosoma S. coelicolor A3(2) M145. Se informan las posiciones de katA2, catC, dnaK, hrdB y rrnB. El mapa se preparó con el software SnapGene Viewer usando la secuencia de S. coelicolor A3(2) disponible en GenBank con número de acceso AL645882.2.

Los datos obtenidos revelaron que se obtuvieron cinco amplicones del tamaño esperado de ambas fracciones, lo que sugiere que el contenido de ADN de F3 y F4 reflejaba el cromosoma S. coelicolor (Fig. S3 complementaria).

Para verificar qué regiones del cromosoma de S. coelicolor estaban asociadas a los MV, se realizó la secuenciación de próxima generación (NGS) de ADN de F3: se eligió F3 para este análisis porque era la fracción más rica en ADN. La secuenciación del ADN dio como resultado 7 692 359 secuencias de extremos de pares, de las cuales 3 831 272 pasaron el paso de recorte. Se obtuvieron 411 contigs durante el paso de montaje, con N50 = 62.711 pb,% GC = 72,18% y una longitud total de 8.580.830 pb. Solo los 255 contigs de más de 1000 pb y que representan un total de 8 545 699 pb se utilizaron para el andamiaje adicional, que se llevó a cabo utilizando el software MeDuSa (ver Materiales y métodos). El andamio resultante contenía un solo contig de 8.558.499 pb con GC% = 72,07% y 128 lagunas. El análisis de identidad de nucleótidos promedio (ANI) confirmó que el genoma ensamblado pertenecía a S. coelicolor: de hecho, 13 de los 15 genomas de referencia tenían un valor de ANI> 99.9%, como se informa en la Tabla complementaria S2. Los dos valores ANI más bajos probablemente se debieron a la calidad de los genomas de referencia correspondientes; de hecho, tenían un mayor número de contigs y valores de N50 más pequeños (Tablas complementarias S1–S2).

Cuando las lecturas de secuenciación se mapearon en la secuencia cromosómica de referencia de S. coelicolor A3(2) (Fig. 3), el análisis mostró que las lecturas cubrían toda la secuencia del genoma, como lo sugieren los datos de la PCR.

Mapeo de lecturas de secuenciación en la secuencia cromosómica de referencia de S. coelicolor A3(2). (A) Cobertura de secuencia del cromosoma A3(2) de S. coelicolor. (B) Zoom de la región comprendida entre las posiciones 5.100.000 y 5.130.000 del genoma de referencia AL645882.2.

Cabe señalar que, si bien la cobertura de lectura promedio fue de 117,5X, una región del cromosoma de ~ 17 kb de longitud (desde la posición 5.106.161 a la 5.122.930 del genoma de referencia con el número de acceso AL645882.2) estaba sobrerrepresentada, con una cobertura promedio local de 1288.5X e incluyendo los 25 ORF enumerados en la Tabla 1.

En general, estos datos demostraron que el contenido de ADN de la población de MV es representativo de todo el cromosoma de S. coelicolor.

El objetivo de este trabajo fue secuenciar y analizar la carga de ADN transportada por las MV de S. coelicolor, ya que hemos demostrado por primera vez que dos poblaciones principales de MV aisladas de cultivos líquidos de S. coelicolor contienen ácidos nucleicos. En particular, uno de ellos (es decir, la fracción F3) está enriquecido con ADN y el otro (es decir, la fracción F4) con ARN. Además, la secuenciación del ADN demostró que el ADN transportado por los MV de la fracción F3 es representativo de todo el S. coelicolor. Este resultado está de acuerdo con trabajos previos sobre vesículas de membrana externa (OMV) de Pseudomonas aeruginosa y Dinoroseobacter shibae, que muestran la presencia del genoma completo en OMV15,38: además, se demostró que en D. shibae una región específica del ADN de su cromosoma estaba sobrerrepresentado, recordando el patrón observado aquí en S. coelicolor38; sin embargo, mientras que en el caso de D. shibae esa región incluía el término de replicación (ter) de su cromosoma circular y la sobrerrepresentación podría deberse a la reparación del ADN sobrereplicado, aún no está claro si este enriquecimiento de secuencia tiene un significado biológico en el caso de S. coelicolor. Por ejemplo, esta región del cromosoma de S. coelicolor no incluye ni el origen de replicación (oriC), cuya posición es 4269853–4272747 en la secuencia de referencia39, ni los sitios de unión a ParB conocidos (es decir, parS) que se mapean en un ~ Región de 400 kb de extensión centrada en el oriC40.

En conjunto, estos hallazgos refuerzan el concepto de que la producción de (O)MV podría representar un mecanismo generalizado de HGT, que abarca tanto bacterias gramnegativas como grampositivas, y que contribuye a la evolución de genes y genomas. El género Streptomyces se encuentra entre los principales productores de compuestos bioactivos, incluidos los antibióticos utilizados para tratar infecciones humanas; por lo tanto, la presencia de ADN cromosómico en MV de S. coelicolor es de interés relevante. De hecho, los genes de resistencia a los antibióticos (ARG) suelen formar parte de grupos de genes biosintéticos y pueden propagarse en el medio ambiente y ser adquiridos, directa o indirectamente, por otras bacterias, incluidos los patógenos. Al respecto, Jiang et al.41 han sugerido la posible TGH de ARGs desde Streptomyces hasta Proteobacteria, incluyendo patógenos41.

Diferentes estudios sugirieron que el ADN puede localizarse en la luz y/o en la superficie de las MV: en ambos casos, independientemente de su localización, el ADN parece ser capaz de mediar en la HGT9,15,42. Incluso en el caso de ADN asociado a la superficie de (O)MV, se demostró que este ADN está involucrado en HGT: por ejemplo, se informó que el tratamiento con ADNasa de OMV de Porphyromonas gingivalis perjudica la eficiencia de la transferencia génica8,43. La localización del ADN asociado a las MV probablemente dependa de su biogénesis, ya sea de células viables o moribundas: por ejemplo, en este último caso, el ADN también podría estar asociado a las MV adhiriéndose a la superficie de las vesículas liberadas44. Este tipo de carga de carga podría ser probable en Streptomyces, ya que se conoce la muerte celular programada y ejerce un papel relevante en la diferenciación morfofisiológica de estas bacterias45,46.

Se propusieron tres posibles mecanismos de HGT mediada por MV: (i) MV se mueve más cerca de la célula objetivo y el ADN en su superficie es adquirido por la célula por competencia natural; (ii) el MV asociado con la membrana de la célula diana sufre lisis y el ADN se adquiere por competencia natural; (iii) la membrana MV se fusiona con la de la celda objetivo y, por lo tanto, la carga se envía a la celda42,47.

El papel del ADN de MV en la evolución del genoma es tentador y prometedor; sin embargo, dado que el ADN se puede localizar en la superficie externa de las MV, no se puede excluir a priori que el ADN pueda ejercer principalmente una función arquitectónica en la formación de MV y/o proporcionar el soporte mecánico para el mantenimiento de la forma una vez que se secretan las MV. Además, el ADN de Streptomyces MV podría tener un posible papel para promover la adhesión de células miceliales a sustratos orgánicos e inorgánicos o en la interacción célula-célula micelial que determina la formación de pinzas y sedimentos en cultivos líquidos48. No debería sorprender que el ADN de las MV pueda ejercer otras funciones además de la HGT: de hecho, se sabe que, en las células humanas, el ADN asociado a las vesículas extracelulares puede tener múltiples funciones, como la inducción de respuestas inflamatorias e inmunitarias mediante la activación de la señalización proinflamatoria. y el mantenimiento de la homeostasis celular a través de la eliminación del ADN dañado que podría inducir la apoptosis49.

Además del papel fisiológico del ADN asociado a los MV, los nuevos métodos de transformación y las aplicaciones biotecnológicas podrían aprovechar el empaquetamiento y la entrega del ADN a través de los MV, especialmente en el caso de que las bacterias sean recalcitrantes a los métodos de ingeniería genética más difusos. Con este propósito, los trabajos futuros deberían identificar los mecanismos moleculares que intervienen en la selección de ADN durante la producción de MV.

Somos plenamente conscientes de que quedan varias preguntas abiertas. De hecho, habría que aclarar, por ejemplo, si cada MV contiene (al menos) una copia completa del cromosoma, si está fragmentado o no, y si está unido y empaquetado por proteínas. A pesar de ello, en nuestra opinión, este trabajo representa un importante paso adelante para la comprensión de los mecanismos responsables de la evolución de las especies bacterianas, especialmente de aquellas cuyo genoma es complejo, como es el caso de Streptomyces. Es muy posible que el ADN incrustado en los MV de S. coelicolor sea lo suficientemente largo como para contener grupos de genes responsables de una o varias vías metabólicas. Si esto es así, los genomas de Streptomyces y/o especies más cercanas podrían sufrir cambios evolutivos rápidos al adquirir largos tramos de ADN y hacer que la versatilidad metabólica de las bacterias que pertenecen a este género sea particularmente consistente.

La cepa utilizada en este estudio fue Streptomyces coelicolor A3(2) M145 (genotipo SCP1− SCP2−)50. Se inocularon 108 esporas en 30 mL de medio J50, para cultivo de semillas, y se incubaron durante 30 h a 30 °C con agitación (200 rpm). La biomasa recolectada se lavó dos veces con agua estéril y se resuspendió en 30 mL de agua estéril. Luego, se inocularon 10 mL de la suspensión bacteriana en 500 mL de medio mínimo [NaNO3 (1 g/L), MgSO4·7H2O (0.5 g/L), KCl (0.5 g/L), KH2PO4 (1 g/L) , glucosa (10 g/L), solución de oligoelementos (1 mL/L), pH 7; solución de oligoelementos contenía FeSO4·7H2O (1 g/100 mL), ZnCl2 (1 g/100 mL) y biotina (0,1 g/100 mL)] (MM)51, en un matraz con deflectores de 2 L, y se incubó a 30 °C durante 136 h, bajo agitación a 180 rpm. Las vesículas de membrana de S. coelicolor se aislaron y purificaron como se describió anteriormente4. En resumen, el sobrenadante del cultivo se filtró y posteriormente se concentró utilizando un sistema de ultrafiltración Amicon con un filtro de exclusión de 100 kDa (Millipore). Luego, se sometió a centrifugaciones secuenciales a 4000 y 15 000 g durante 15 min a 4 °C para eliminar los agregados. El sobrenadante restante se ultracentrifugó a 100 000 g (SW 40 Ti Rotor, Beckman Coulter) durante 1 hora a 4 °C. El precipitado se suspendió en solución salina tamponada con fosfato estéril (solución salina tamponada con fosfato de Dulbecco, DPBS, sin Ca2+ ni Mg2+) y se mezcló con la solución OptiPrep (Sigma-Aldrich) para obtener una solución final OptiPrep al 35 % v/v. Se estableció un gradiente de densidad OptiPrep de seis capas (35, 30, 25, 20, 15 y 10 % v/v) en un tubo de ultracentrifugación de 14 ml y se ultracentrifugó a 140 000 g durante 16 h a 4 °C (SW 40 Rotor Ti, Beckman Coulter). Las seis fracciones del gradiente de densidad (F1 a F6) se recogieron y diluyeron con DPBS estéril y se ultracentrifugaron a 38 400 g (SW 55 Ti Rotor, Beckman Coulter) durante 2 ha 4 °C. Los sedimentos se suspendieron en 0,2 ml de DPBS estéril. Se visualizaron 10 μl de las seis fracciones en un gel de agarosa al 1 % (p/v). F3 y F4 se utilizaron para procedimientos posteriores, ya que contenían MV, como se demostró anteriormente4. Se realizó un análisis DLS para confirmar la presencia de MV antes de continuar con los experimentos.

Se trataron 5 μL de F3 y F4 MV con 1 U de ADNasa I recombinante, libre de ARNasa (Roche), incubando las muestras a 37 °C durante 30 min, en presencia del tampón de reacción proporcionado y en un volumen final de 10 μL. El tratamiento con RNasa se realizó utilizando 5 μL de F3 y F4 MVs y Rnase A (Roche), utilizados a la concentración final de 10 ng/mL en 10 μL; en este caso la incubación se realizó a 37 °C durante 1 h. Las muestras tratadas y no tratadas se compararon cargando la misma cantidad de MV en un gel de agarosa al 1 % (p/v) (10 μL de muestras tratadas y 5 μL de muestras no tratadas, respectivamente).

Se trataron alícuotas de 10 μl de MV F3 y F4 con ADNasa I recombinante, libre de ARNasa (Roche) o ARNasa A (Roche) siguiendo las instrucciones del fabricante. Tras los tratamientos, las muestras se analizaron mediante electroforesis en gel de agarosa al 1% (p/v) en tampón Tris-Acetato-EDTA (TAE) 1X. Como escalera de ADN se utilizó MassRuler DNA Ladder Mix, lista para usar (Thermo Scientific).

Los genes SCO7590 (katA2), SCO0560 (catC), SCO3671(dnaK), SCO5820 (hrdB) y SCOr06 (rrnB) se amplificaron a partir de muestras de MV utilizando los conjuntos de cebadores enumerados en la Tabla 2. Las mezclas de reacción consistieron en tampón de PCR 1X, 1,5 MgCl2 mM, 0,5 μM de cada cebador, 0,2 mM de dNTP, 1 U de ADN polimerasa recombinante Taq (Thermo Scientific) y 1 μL de F3 o F4, utilizados como plantilla. Para la amplificación de SCO7590, SCO0560, SCO3671 y SCO5820, se aplicaron las siguientes condiciones de PCR de contacto: desnaturalización inicial de 3 min a 95 °C, seguido de un ciclo de 45 s a 95 °C, 30 s a 66 °C y 45 s a 72 °C; un ciclo de 45 s a 95 °C, 30 s a 64 °C y 45 s a 72 °C; un ciclo de 45 s a 95 °C, 30 s a 62 °C y 45 s a 72 °C; 30 ciclos de 45 s a 95 °C, 30 s a 60 °C y 45 s a 72 °C. Un paso final de elongación a 72 °C durante 10 min finalizó el programa. Para SCOr06 las condiciones de ciclado térmico fueron 94 °C por 3 min, seguido de 30 ciclos de 94 °C por 45 s, 50 °C por 1 min y 72 °C por 90 s, y finalmente 72 °C por 10 min.

El ADN de F3 fue secuenciado por Genomix4life srl (Salerno, Italia) utilizando la plataforma Illumina NextSeq550 con una secuenciación de extremo emparejado de 2 × 150 pb. Las bibliotecas indexadas se prepararon con un kit Nextera DNA Flex (Illumina Inc.). Las lecturas se recortaron usando Trimmomatic (v. 0.36.4)52: el adaptador se quitó usando la opción ILLUMINACLIP, luego el recorte se realizó en dos pasos usando las opciones SLIDINGWINDOW y MINLEN (ajustadas a 90). Las lecturas recortadas se ensamblaron utilizando SPAdes (v. 3.12.0)53 con las opciones '—careful' y '—cov-cutoff' (configuradas en 'auto'). Los contigs con una longitud de> 1000 pb se armaron con MeDuSa54 utilizando los genomas de referencia de Streptomyces coelicolor informados en la Tabla complementaria S1. FastANI (v. 1.3)55 se utilizó para calcular la identidad de nucleótidos promedio (ANI) de los pares de genes ortólogos en los genomas de andamiaje y de referencia.

Las lecturas recortadas finalmente se mapearon en la secuencia cromosómica de referencia de S. coelicolor A3(2) (disponible en GenBank con número de acceso AL645882.2) utilizando Bowtie2 (v. 2.4.2)56, y las lecturas duplicadas se eliminaron con el marcado de Samtools (v .1.13)57. La cobertura de todo el genoma se calculó con la función 'genomecov' de BEDTools (v. 2.30.0)58 y los datos se visualizaron con el paquete Sushi R (v. 1.34.0)59. Todos estos análisis se realizaron con un software disponible en la plataforma Galaxy60.

Las lecturas de secuenciación sin procesar que respaldan los hallazgos de este estudio se han depositado en la base de datos Sequence Read Archive (SRA) con el número de acceso SRR19648592 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRR19648592). El número de acceso de BioProject es PRJNA849152.

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Este trabajo fue apoyado en parte por el Departamento Regional de Actividades Productivas, Región de Sicilia (proyecto BIAS, POFESR 2014/2020 n. 082015000275 a GG), y la Universidad de Palermo (FFR 2019-2020 a GG). El Centro ATeN (Med-CHHAB, PONa3 00273, Universidad de Palermo) es reconocido por el apoyo técnico y la hospitalidad del laboratorio.

Departamento de Ciencias y Tecnologías Biológicas, Químicas y Farmacéuticas, Universidad de Palermo, 90128, Palermo, Italia

Teresa Faddetta, Giuseppe Gallo y Anna Maria Puglia

Facultad de Biociencias y Medicina Veterinaria, Universidad de Camerino, 62032, Camerino, Italia

Alberto Vasallo

Departamento de Biología, Universidad de Florencia, 50019, Sesto Fiorentino, Italia

Sara Del Duca y Renato Fani

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AMP y TF concibieron el proyecto. TF realizó los experimentos. AV y SDD analizaron los datos. TF AV y escribió el borrador del manuscrito. AMP, GG y RF revisaron y editaron el manuscrito. AMP, GG y RF supervisaron el proyecto. AMP y GG financiaron el proyecto. Todos los autores aprobaron el artículo.

Correspondencia a Alberto Vassallo.

Los autores declaran no tener conflictos de intereses.

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Reimpresiones y permisos

Faddetta, T., Vassallo, A., Del Duca, S. et al. Desentrañar las secuencias de ADN transportadas por las vesículas de membrana de Streptomyces coelicolor. Informe científico 12, 16651 (2022). https://doi.org/10.1038/s41598-022-21002-z

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Recibido: 07 julio 2022

Aceptado: 21 de septiembre de 2022

Publicado: 05 octubre 2022

DOI: https://doi.org/10.1038/s41598-022-21002-z

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